一个游戏的副本决定了玩家的等级和装备层次。每个副本都有每个副本特有的装备，不但是副本决定了玩家的挑战等级，玩家的等级也间接的选择了副本的难度。

首先，《忍者之王》的副本模式是以传统的闯关模式来战斗的。即，只有将上一副本挑战成功之后，下一副本才会解锁。玩家无法跳跃性的挑战副本。当前可挑战的最高等级副本会在副本上方显示一把剑，不可挑战的副本会显示一把锁。挑战过的副本会显示出红色的副本名称。
选择：选择相应关卡，进入后点击“闯”即可进行闯关。

消耗：每次闯关不论战斗胜负，均会消耗一点体力值，可用一乐拉面等补充体力
次数：每个关卡每天有一定的战斗次数，每次战斗扣除一次战斗次数，可使用元宝恢复战斗次数。
副本难度相关：
普通：前一地点普通难度通关后，可开启下一地点的普通难度关卡，以此类推。
高手：某弟弟普通难度关卡全部三星后，可开启该关卡高手难度。高手难度会有更好的掉落。
宗师：某地点高手难度关卡全部三星后，可开启该关卡宗师难度。宗师难度关卡有几率掉落蓝色紫色装备、武学、阵法残片。
满星：每个地点每个难度的关卡都有满星奖励，每个难度所有关卡全部三星后，可食用一次一乐拉面恢复10点体力
每场战斗结束后，会对玩家的战斗进行评价做出战斗报告。统计出战斗消耗的回合数，并且每个地图的战斗首次三星，可获得双倍奖励。
当前副本全部通关满星后，还有通关奖励可以领取哦。